テレビアニメを約60話分(一部プログラムは拡大枠)も見ると気になることが多くもなります。コミック版がアニメ3期よりも手前の話みたいなので、後の話を知るには小説版を読むかネタバレに頼るかのどちらかになります。
伏線になりそうな部分に触れます。
「異世界」
レグルスの権能を星の異名から着想を得て看過するエピソードなど、大罪司教の能力付けに「異世界」が関わっていること。七つの大罪や日本近世をモチーフにした外国設定はほかの作品でも見るパターン(ダンまち、異世界おじさんなど)。
ギフテッド
ラインハルトの加護獲得のようなバランスブレイカーが作中に数人いること。魔女のチートスキル付与もパワーインフレの元凶。設定返し。
アルデバラン
スバルと同じバトルフィールドに立たず、本編の時間軸を意識しつつ距離を取る存在。アニメ3期で暗躍するが、謎があるくらいの描写にとどまる。
400年前
エキドナが人工精霊を作ったのも、ダフネが三大魔獣を登場させたのも400年前。現実世界の魔女狩りが16世紀から17世紀。作中の400年前のエピソードが同時に起きたわけでもなさそうで、嫉妬の魔女が暴走から封印された時期でミッシングリンクが起きている様子。
その他
エミリアの生みの親、ミーティア、マナのゲート、アナスタシアの能力、ラムなど。フェルトと徽章の件もまだ棚上げ。今後のストーリーは王選の進行、記憶の奪還/暴食の討伐が主軸で、アニメではまだ語られていない「元の世界に帰りたい」が現れるかもしれない。嫉妬の魔女がスバルに執着する理由が不明で、それによってはスバルの「異世界」の記憶自体が改竄された可能性もある。